Увольнение за прогул

Работник устроен по гражданско-правовому договору.Проработал 1 год,самовольно оставил рабочее место и больше на работу не вышел.Запись в трудовой кн. о приеме сделана.Сделан приказ об увольнении по ст. п.6.ст.81 ТК РФ (по указанию начальника), заработная плата не выплачена.Работник намерен обратиться в Прокуратуру для выплаты з\пл. Обьясните пожалуйста,в чем ошибка руководства (отдела кадров),как нужно отрегулировать создавшуюся обстановку (для отдела кадров) чтобы решить все мирным путем?